Pendidikan Agama yang terselenggara pada sekolah- sekolah saat ini belum optimal dalam pengembangan p[ribadi, watak,d an akhlak karimah peserta didik sebagaimana yang telah diinginkan. Hal ini disebabkan berbagai faktor, antara lain rendahnya kompetensi profesional dan pedagogik Guru Pendidikan Agama, muatan kurikulum lebih berat kepada kemampuan ritualistik tapi lemah pada penguatan kesalehan sosial, dan sarana prasarana yang kurang memadai.
Dari telaah awal, Permasalahan pendidikan agama tidak saja terletak pada operasional penyelenggaraannya disekolah, namun permasalahan itu berawal pada peraturan dan perundang- undangan (UU No. 20 Tahun 2003 tentang Sisdiknas, PP No. 19 Tahun 2005 tentang Standar Nasional Pendidikan, permendiknas No. 22 dan 23 tahun 2006 tentang Standar Isi dan Standar Kompetensi Lulusan) yang menjadi landasan yuridiksi dalam pelaksanaan pendidikan agama disekolah, ternyata mengandung berbagai kelemahan, kekurangan, ketidaksinkronan, bahkan ketidaksesuaian antara satu peraturan perundangan dengan peraturan perundangan lainnya.