Sejalan dengan telah diberlakukannya UU No. 22 tahun 1999 sebagaimana telah diperbarui UU No. 43 tahun 2004 tentang Pemerintah Daerah, UU No. 25 tahun 1999 tentang Perimbangan Keuangan antara Pemerintah Pusat dan Daerah, PP No. 25 tahun 2000 tentang Kewenangan Pemerintah & Propinsi sebagai Daerah Otonom dan Renstra Departemen Agama 2001-2005 khusus tentang pengembangan pendidikan agama dan keagamaan, Pusat Penelitian dan Pengembangan Pendidikan Agama dan Keagamaan telah menyiapkan berbagai pedoman penyelenggaraan madrasah dan pendidikan agama pada era otonomi daerah. Langkah strategis ini diorientasikan untuk meningkatkan peran masyarakat madrasah dan pendukung lainnya dalam meningkatkan kualitas pendidikan di madrasah. Salah satu konsep yang dikembangkan adalah School Based Management (SBM) yang diujicobakan pada 110 madrasah di 11 Kabupaten. Ujicoba Pengembangan SBM ini dikemas dalam istilah "Madrasah Mandiri". Istilah yang sesuai dengan karakteristik madrasah yang sesungguhnya, milik masyarakat dan untuk masyarakat.