Awalnya, masyarakat memandang dunia pesantren sebagai lembaga pendi dikan Islam tradisional yang bertujuan untuk memahami, menghayati dan mengamalkan ajaran Islam (tafaqquh fiddin) dengan menekankan pentingnya moral agama Islam sebagai pedoman hidup bermasyarakat sehari-hari. Tetapi, memasuki dekade awal abad ke-21 pandangan masyarakat terhadap dunia pesantren mengalami perubahan sangat signifikan. Pesantren tidak lagi sekedar dilihat sebagai lembaga pendidikan tradisional berwatak lemah lembut, tertutup, status quo, dan lambang keterbelakangan. Pesantren lebih menampakkan arus pemikiran, ideologi dan kelompok social serta aktifitas-aktifitas gerakan yang sangat massif. Seolah-olah membalikkan gambaran pesantren sebelumnya yang memiliki watak lentur, akomodatif dan adaptif terhadap budaya lokal.
Tiga mainstream keilmuan pesantren (tauhid, fiqh dan tasawuf) sangat menganjurkan umat untuk berbuat kebajikan, kasih sayang, mengalah demi orang lain, membahagiakan orang lain, menolong dan bekerjasama, dan sedini mungkin menghindari konflik, konfrontasi, intrik, dan hal-hal destruktif lainnya. Dengan inilah Islam akan bisa diterima dimuka bumi secara simpatik dan penuh dengan kesan, bukan dengan ca kekerasan.