Buku ini mengungkapkan bahwa semakin mengadopsi materi agama nonmuslim maka pembelajaran PAI pada peserta didik plural agama dapat diterima. Hal ini terus terlaksana karena tidak dijumpai peserta didik pluralistik mengkonversi agamanya menjadi agama Islam. Pembelajaran PAI pada peserta didik plural agama tersebut dilakukan hanya pada aspek pengetahuan. Pelaksanaan ini dapat terus berlangsung dan dapat diketahui melalui beberapa hal.

Kebijakan Yapis Papua dalam Pembelajaran PAI pada masyarakat pluralistik tidak memperhatikan keagamaan yang dianut para siswa melainkan hanya mengajarkan agama tertentu terhadap para siswa yang beragam keagamaannya. Namun demikian, cara pembelajaran PAI yang demikian itu dapat berjalan secara efektif atau tidak menimbulkan resistensi. Hal ini terjadi disebabkan pembelajaran di Yapis Papua tidak bertujuan mengganti keagamaan para siswa, tidak memaksa peserta didik menkonversi agamanya ke dalam agama Islam, tidak mewajibkan penghayatan dan pengamalan pengetahuan agama Islam. Penerapan pembelajaran ini dilakukan tidak sepenuhnya misi ideologi tetapi lebih didasari pada pertimbangan misi sosial terutama pengenalan Islam, karena pembelajaran pendidikan agama Islam diberikan kepada siswa nonmuslim tidak menjadikan mereka keluar dari agamanya justru menjadikan pelajaran pendidikan agama sebagai sarana memperkenalkan agama Islam.

Penerapan pembelajaran PAI pada 3 satuan pendidikan Yapis Papua yaitu Universitas Yapis Papua, SMK Hikmah Yapis, dan SMA Hikmah Yapis dengan menggunakan pendekatan pembelajaran yang berpusat pada guru sebagai ahli yang memegang kontrol selama proses pembelajaran, model teacher centris, strategi pembelajaran ekspositori. Guru/Dosen sebagai subyek dalam pembelajaran PAI dimana pendidik tidak mengharuskan peserta didik pluralis mengamalkan ajaran agama Islam, memasukkan unsur nilai dan ajaran agama non muslim di dalam materi pembelajaran PAI, guru menurunkan nilai standar kriteria ketuntasan minimal bagi peserta didik nonmuslim. Pada sisi kognitif, guru menyadur ajaran agama peserta didik pluralistik. Pada sisi psikomotorik mereka hanya mengetahui praktik keagamaan namun tidak dilaksanakan. Pada sisi afektif, guru mengambil nilai-nilai yang sama dengan ajaran agama lain yang sesuai dengan afektif dalam pembelajaran Pendidikan Agama Islam.